L'Editrice Queriniana si rifà, nel nome, ad Angelo Maria Querini.
Nato a Venezia nel 1680 e divenuto monaco benedettino a Firenze, insegnò Sacra Scrittura a partire dal 1705. Nominato vescovo di Brescia nel 1727, Angelo Maria Querini fu elevato al cardinalato, fu posto a capo della Biblioteca Vaticana nel 1730 e divenne membro della Accademia delle Scienze di Vienna nel 1747. Per Brescia questo nome significò cultura e mecenatismo per la cultura; ivi egli morì nel 1755.

Nel 1884 si apre a Brescia una tipografia che porta il nome di "Queriniana": è il primo nucleo di quella che diventerà l'Editrice Queriniana. Nel 1886 questa tipografia viene trasferita in quella che attualmente è via Piamarta a Brescia e prende il nome di "Tipografia e Libreria Queriniana".
Da quel momento inizia una attività di pubblicazioni che la qualificano come l'unica editrice cattolica del capoluogo lombardo: tutta la stampa cattolica bresciana - Il cittadino di Brescia, La voce del popolo, Scuola italiana moderna, Il frustino, La madre cattolica ecc. - viene stampata in via Piamarta, al n. 6. Responsabile della Queriniana di quegli anni è il beato padre Giovanni B. Piamarta (1841-1913), il fondatore della Congregazione religiosa della "Sacra Famiglia di Nazareth". È a lui che si deve il passaggio da una Queriniana semplice tipografia a una Queriniana editrice.

È con il 1965, anno della conclusione del concilio Vaticano II, che l'Editrice Queriniana prende a caratterizzarsi per una spiccata nota di internazionalità. Tutto nasce dalla fondazione di Concilium, la "Rivista internazionale di teologia" che raggruppa i più grandi teologi venuti a Roma per partecipare al concilio in qualità di periti. Essi volevano che la rivista Concilium fosse negli anni a venire "espressione della responsabilità della teologia cattolica di fronte ai problemi del mondo".
A partire da questo primo impulso decisivo, fin dagli anni Settanta l'Editrice Queriniana inizia a pubblicare opere di altissimo profilo. Prendono forma due prestigiose collane - "Biblioteca di teologia contemporanea" e "Giornale di teologia" (entrambe dirette da Rosino Gibellini) - che ancora oggi rappresentano per l'Italia l'espressione più elevata della ricerca teologica.
Sempre a partire dalla stagione conciliare, l'Editrice Queriniana si specializza anche nel campo pastorale e della pedagogia religiosa con la pubblicazione di riviste specializzate - Servizio della parola, Religione & scuola, Rivista di pastorale liturgica - e di testi qualificati che sono frutto di ricerca e di sperimentazione. Nel 1996 lascia la sede storica di via Piamarta, per trasferirsi in via Ferri, in una nuova sede, più moderna, ampia e funzionale.